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Bioinformática
 





Dados do projeto

 
Título
Genoma de Crinipellis perniciosa: Montagem e Anotação da Mitocôndria e Desenvolvimento de Sistema de Comparação de Genomas
Típo
doutorado
Data de início
01/03/2003
Data de encerramento
Resumo
Um dos passos mais demorados de um projeto genoma atualmente é a anotação, sendo também um dos mais importantes. Embora a fase inicial da anotação já tenha um bom suporte de bioinformática, a anotação metabólica ainda utiliza muito tempo de uma mão de obra especializada e rara. Por esta demanda, um dos objetivos deste trabalho é tornar esta anotação mais automatizada e facilitada. Para tanto, será utilizado como modelo o mtDNA de Crinipellis perniciosa, pela variedade genética encontrada. Como a bioinformática atua no campo da predição de resultados, como de montagem ou anotação, a integração com a pesquisa em bancada permite a confirmação ou não dos resultados preditos e o refinamento do método empregado. Adicionalmente, será desenvolvido um sistema de comparação de genomas incompletos com genomas completos ou incompletos, visando projetos que não pretendam incluir a etapa de finalização, extremamente dispendiosa em trabalho e recursos, que não refletem em informação relevante para fins específicos.
Agência financiadora
Objetivos
* Montagem e anotação manual e automática do DNA mitocondrial de Crinipellis perniciosa, orientando o desenvolvimento das ferramentas de anotação automática pelos resultados da anotação manual. * Confirmação da montagem do mtDNA em bancada, definindo a veracidade das montagens e anotação manual e automática. * Desenvolvimento de sistema de comparação de genomas incompletos com genomas completos, utilizando os dados parciais do genoma de C. perniciosa. * Desenvolvimento de sistema de anotação metabólica semi-automática, utilizando a mitocôndria anotada manualmente como modelo.
Bolsas
Link
http-www-lge-ibi-unicamp-br-vassoura
Valor aprovado
Resultados
 
Equipe do LGE