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FERRAMENTAS LOCAIS
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EMBOSS LGE |
(European Molecular Biology Open Software Suite) -
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Pacote gratuito de softwares de alta qualidade para a análise de seqüências.
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BANCOS DE DADOS DE NUCLEOTÍDEOS E PROTEÍNAS
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AMIGO |
GO Browser from BDGP
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Busca um termo GO e mostra todos os produtos de gene anotados para este, ou procura por produto de gene e mostra suas associações.
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BIND |
(The Biomolecular Interaction Network Database)
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Banco de dados projetado para armazenar descrições completas de interações, complexos moleculares e vias metabólicas.
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BIOTOOLS |
Transport related tools and other biology tools
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Conjunto de ferramentas, incluindo algumas relacionadas a proteínas de transporte.
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COGEME |
Phytopathogenic Fungi and Oomycete EST Database
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Banco de dados de ESTs de fungos e oomicetos patogênicos.
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Entrez GenBank |
Busca no GenBank
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GenBank é o banco de dados de seqüências genéticas do NIH, uma coleção anotada de todas as sequencias de DNA disponíveis publicamente.
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ENZIME |
Enzyme Nomenclature Database
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Conjunto de informações relativas à nomenclatura de enzinas.
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GeneCensus |
Estudos comparativos de genomas.
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Genômica comparativa: o relacionamento entre diferentes genomas, genomas individuais e ORFs destes genomas.
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PIR |
(Protein Information Resource)
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Banco de dados de seqüências de proteínas anotadas funcionalmente.
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PSORT |
Prediction of Protein Sorting Signals and Localiza
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Predição de sítios de localização de proteínas em células.
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SRS |
(Sequence Retrieval System)
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Busca de informações nos principais bancos de dados biológicos.
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SWISS-PROT |
Protein Knowledgebase
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Banco de dados (BD) de seqüências de proteínas curado - alto nível de anotação, mínimo de redundância e alto de integração com outros BDs.
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TC |
(Transport Comission)
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Sistema de classificação para proteínas de transporte de membrana conhecido como sistema TC.
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UniGene |
The UniGene System
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Sistema experimental para divisão automática de seqüências do genbank em conjuntos orientados não redundantes.
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BANCOS DE DADOS DE GENOMAS
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APOLLO ENSEMBL |
Apollo Browser
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Anotação e busca em genomas de eucariotos.
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EnsEMBL |
Ensembl Genome Browser
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Sistema de programas que produz e mantém a anotação automática de genomas de eucariotos.
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GO |
(Gene Ontology Consortium)
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Vocabulário de produtos de genes dinâmico controlado com potencial de ser aplicado a todos os organismos.
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MIPS |
(Munich Information Center for Protein Sequences)
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Armazena e mantém conjunto de bancos de dados, e disponibiliza ferramentas de análise.
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NCBI |
(National Center for Biotechnology Information)
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Bancos de dados públicos, pesquisa em biologia computacional, desenvolvimento de programas para analisar dados do genoma e disseminação de informação biomedica.
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TIGR |
TIGR´s Genome Projects
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Bancos de dados curados - seqüências de DNA e proteínas, expressão gênica, função celular, famílias de proteínas e dados taxonômicos para micróbios, plantas e humanos.
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ALINHAMENTO
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ALFRESCO |
FRont-End for Sequence COmparison
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Análise comparativa entre seqüências de genomas.
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ALIGN |
Compendium of Protein Sequence Alignments
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ALIGN é uma coleção de alinhamentos multiplos de seqüências.
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Alpro Route e Makelogo |
Alpro e Delila Route, Makelogo
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Visualização gráfica de informações de alinhamento.
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CLUSTAL W |
Clustal para web
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Múltiplo alinhamento de seqüências de DNA ou aminoácidos, e construção de árvore filogenética.
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FASTA |
Sequence Similarity Search
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Programa de busca de similaridades alternativo ao Blast.
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JALVIEW |
(Java Multiple Alignment Editor)
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Editor de alinhamentos múltiplos escrito inteiramente em java.
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NCBI BLAST |
(Basic Local Alignment Search Tool)
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Programas de busca de similaridade projetados para explorar todas as bases de dados disponíveis de seqüências de proteínas ou DNA.
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WU-BLAST |
Washington University BLAST Archives
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Encontrar regiões de similaridade de seqüências rapidamente, com mínima perda de sensibilidade.
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PREDIÇÃO DE GENES
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CDS |
Search coding regions
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Localiza regiões codantes.
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GenLang |
GenLang Linguistic Sequance Analyzer
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Sistema de reconhecimento de padrões para encontrar genes e outras características em dados biológicos.
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GenScan |
GenScan
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Identificação de genes com análise do DNA genômico de diversos organismos.
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Glimmer |
Gene Locator and Interpolated Markov Modeler
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O glimmer é um sistema para encontrar genes no DNA, especialmente em genomas de bactérias e em Archaea.
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OrfFinder |
(Open Reading Frame Finder)
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Ferramenta gráfica da análise que encontra ORFs em uma seqüência do usuário ou em uma seqüência já existente no banco de dados.
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PROCRUSTES |
Gene Recognition via Spliced Alignment
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Explora todas as possibilidades de alinhamento de montagem de exons e localiza a estrutura de exons que mais se assemelha com a proteína.
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Wise |
Intelligent algorithms for DNA searches
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Comparar seqüências de DNA em nível de sua tradução conceitual.
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Xpound |
Software for exon trapping
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Localiza regiões de exons.
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PREDIÇÃO DE ESTRUTURA
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Jpred |
Consensus secondary structure prediction server
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Predição de estrutura secundária de proteínas a partir de seqüência ou de alinhamento múltiplo.
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Modeller |
(Program for Comparative Protein Structure Moddeli
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Comparação de modelos tridimensionais de estruturas de proteínas
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PP |
(Predict Protein)
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Análise de seqüências e predição de estruturas.
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PSA |
(Protein Sequence Analysis)
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Predição de estrutura secundária.
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PSIPRED |
(Protein Structure Prediction Server)
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Predição de estrutura secundária.
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STING |
(Sequence To and withIN Graphics)
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STING is a web based suite of programs that starts with visualizing molecular structure and then leads a user through a series of operations resulting in a comprehensive structure analysis.
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VIAS METABÓLICAS
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KEGG |
(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)
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Acesso via informática do conhecimento de biologia celular e molecular da interação de moléculas ou genes.
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PATHDB |
PathDB pathways
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PathDB é uma ferramenta da pesquisa para a bioquímica e a genômica funcional.
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WIT |
(What Is There)
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Recosntrução interative de metabolismo na web.
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ANÁLISE FILOGENÉTICA
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PAUP |
(Phylogenetic Analysis Using Parsimony)
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Pacote de programas para inferência de árvores filogenéticas.
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PHYLIP |
PHYLIP
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Pacote de programas de livre utilização para inferir filogenia.
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TreeView |
TreeView
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Programa simples para visualizar árvores filogenéticas.
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PADRÕES
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3Dee |
3Dee
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3Dee contem definições estruturais de domínio para todas proteínas do banco de dados PDB que têm 20 ou mais resíduos e não são modelos teóricos.
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BLOCKS |
BLOCKS
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Alinhamentos múltiplos de segmentos correspondentes às mais conservadas regiões de proteínas.
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COG |
(Clusters of Orthologous Groups of proteins)
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O COGnitor permite busca em grupos de proteínas ortólogas do COG.
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HMMER |
HMMER
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Programa que utiliza perfil de HMMs para análise de seqüências de proteínas.
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MEME/MAST |
MEME/MAST
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Localização de motifs em grupos de seqüências de DNA ou proteínas relacionadas / busca em banco de dados
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MetaMEME |
Motif-based hidden markov modeling of biological s
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Kit de ferramentas para construção e utilização de HMMs baseados em motifs de DNA e proteínas.
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PFAM |
Pfam database of protein domains and HMMs
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Coleção de alinhamentos múltiplos de seqüências e de HMMs cobrindo os mais comuns domínios de proteínas.
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PRINTS |
Protein Fingerprint Database
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Conjunto de fingerprints de proteínas.
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PROSITE |
Database of protein families and domains
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Base de dados de domínios e famílias de proteínas.
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PSI-Blast |
Position-Specific Iterated Blast
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Blast mais sensitivo, constróis perfil de posicionamento específico.
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DESENHO DE PRIMERS
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Links |
HGMP Resource Centre
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Links para programas de desenho de primers.
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Primer3 |
versão beta
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Diversas opções de parâmetros
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ESTRUTURA MOLECULAR
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Cn3D |
Cn3D
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Visualizar estruturas tridimensionais do Entrez.
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Links |
In National Science Foundation
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Página com links poara programas de visualização molecular.
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MolMol |
(MOLecule analysis and MOLecule display)
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Gráficos de moléculas para visualizar, analisar e manipular estruturas tridimensionais de macromoléculas.
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Protein Explorer |
RasMol-derivative
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Visualizar estrutura molecular e sua relação com função.
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Swiss - Pdb Viewer |
Swiss-Pdb Viewer
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Interface amigável que permite a análise de várias proteínas ao mesmo tempo.
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Swiss-Model |
Swiss-Model
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Comparação automática de modelos de proteínas.
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CHIPS DE DNA
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HSC-2DPAGE |
2-DE Gel Protein Databases at Harefield
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banco de dados de géis 2-DE de proteínas.
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Links |
In Xenopus Microarray Project
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Página com links classificados.
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SWISS-2DPAGE |
Two-dimensional polyacrylamide gel electrophoresis
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Banco de dados de mapas de referência 2D e SDS.
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ANÁLISE DE GENOMA
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MAGPIE |
(Multipurpose Automated Genome Project Investigati
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Sistema de análise e anotação de genoma automático.
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MUMmer |
Fast alignment of large-scale DNA and protein sequ
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Sistema para alinhamento rápido de dois genomas inteiros.
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Phred Phrap Consed |
The Phred/Phrap/Consed System Home Page
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Pacote de programas para montagem e visualização de fragmentos de DNA.
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PipMaker |
(Percent Identity Plot Maker)
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Visualização do relacionamento entre seqüências.
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Staden |
Staden
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Pacote de programas para montagem e análise de genoma.
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ANÁLISE DE PROTEOMA
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ExPASy proteomics tools |
ExPASy proteomics tools
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Links para ferramentas de proteômica.
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DESENVOLVIMENTO
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Bioperl |
Bioperl Project
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Associação internacional de desenvolvedores de ferramentas Perl para bioinformática, genômica e pesquisa da ciência da vida.
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CGI.pm |
CGI.pm - a Perl5 CGI Library
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biblioteca Perl para criação de objetos.
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MySQL |
MySQL
|
Servidor de banco de dados robusto e fácil de utilizar.
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Perl |
Perl
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Linguagem de programação de scritp.
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BUSCA NA WEB
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ALTAVISTA |
Web Search
|
Procura, imagem, som, video...
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GOOGLE |
Web Search
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Procura, imagem, som, grupos...
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