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FERRAMENTAS LOCAIS
EMBOSS LGE (European Molecular Biology Open Software Suite) - Pacote gratuito de softwares de alta qualidade para a análise de seqüências.
 
BANCOS DE DADOS DE NUCLEOTÍDEOS E PROTEÍNAS
AMIGO GO Browser from BDGP Busca um termo GO e mostra todos os produtos de gene anotados para este, ou procura por produto de gene e mostra suas associações.
BIND (The Biomolecular Interaction Network Database) Banco de dados projetado para armazenar descrições completas de interações, complexos moleculares e vias metabólicas.
BIOTOOLS Transport related tools and other biology tools Conjunto de ferramentas, incluindo algumas relacionadas a proteínas de transporte.
COGEME Phytopathogenic Fungi and Oomycete EST Database Banco de dados de ESTs de fungos e oomicetos patogênicos.
Entrez GenBank Busca no GenBank GenBank é o banco de dados de seqüências genéticas do NIH, uma coleção anotada de todas as sequencias de DNA disponíveis publicamente.
ENZIME Enzyme Nomenclature Database Conjunto de informações relativas à nomenclatura de enzinas.
GeneCensus Estudos comparativos de genomas. Genômica comparativa: o relacionamento entre diferentes genomas, genomas individuais e ORFs destes genomas.
PIR (Protein Information Resource) Banco de dados de seqüências de proteínas anotadas funcionalmente.
PSORT Prediction of Protein Sorting Signals and Localiza Predição de sítios de localização de proteínas em células.
SRS (Sequence Retrieval System) Busca de informações nos principais bancos de dados biológicos.
SWISS-PROT Protein Knowledgebase Banco de dados (BD) de seqüências de proteínas curado - alto nível de anotação, mínimo de redundância e alto de integração com outros BDs.
TC (Transport Comission) Sistema de classificação para proteínas de transporte de membrana conhecido como sistema TC.
UniGene The UniGene System Sistema experimental para divisão automática de seqüências do genbank em conjuntos orientados não redundantes.
 
BANCOS DE DADOS DE GENOMAS
APOLLO ENSEMBL Apollo Browser Anotação e busca em genomas de eucariotos.
EnsEMBL Ensembl Genome Browser Sistema de programas que produz e mantém a anotação automática de genomas de eucariotos.
GO (Gene Ontology Consortium) Vocabulário de produtos de genes dinâmico controlado com potencial de ser aplicado a todos os organismos.
MIPS (Munich Information Center for Protein Sequences) Armazena e mantém conjunto de bancos de dados, e disponibiliza ferramentas de análise.
NCBI (National Center for Biotechnology Information) Bancos de dados públicos, pesquisa em biologia computacional, desenvolvimento de programas para analisar dados do genoma e disseminação de informação biomedica.
TIGR TIGR´s Genome Projects Bancos de dados curados - seqüências de DNA e proteínas, expressão gênica, função celular, famílias de proteínas e dados taxonômicos para micróbios, plantas e humanos.
 
ALINHAMENTO
ALFRESCO FRont-End for Sequence COmparison Análise comparativa entre seqüências de genomas.
ALIGN Compendium of Protein Sequence Alignments ALIGN é uma coleção de alinhamentos multiplos de seqüências.
Alpro Route e Makelogo Alpro e Delila Route, Makelogo Visualização gráfica de informações de alinhamento.
CLUSTAL W Clustal para web Múltiplo alinhamento de seqüências de DNA ou aminoácidos, e construção de árvore filogenética.
FASTA Sequence Similarity Search Programa de busca de similaridades alternativo ao Blast.
JALVIEW (Java Multiple Alignment Editor) Editor de alinhamentos múltiplos escrito inteiramente em java.
NCBI BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) Programas de busca de similaridade projetados para explorar todas as bases de dados disponíveis de seqüências de proteínas ou DNA.
WU-BLAST Washington University BLAST Archives Encontrar regiões de similaridade de seqüências rapidamente, com mínima perda de sensibilidade.
 
PREDIÇÃO DE GENES
CDS Search coding regions Localiza regiões codantes.
GenLang GenLang Linguistic Sequance Analyzer Sistema de reconhecimento de padrões para encontrar genes e outras características em dados biológicos.
GenScan GenScan Identificação de genes com análise do DNA genômico de diversos organismos.
Glimmer Gene Locator and Interpolated Markov Modeler O glimmer é um sistema para encontrar genes no DNA, especialmente em genomas de bactérias e em Archaea.
OrfFinder (Open Reading Frame Finder) Ferramenta gráfica da análise que encontra ORFs em uma seqüência do usuário ou em uma seqüência já existente no banco de dados.
PROCRUSTES Gene Recognition via Spliced Alignment Explora todas as possibilidades de alinhamento de montagem de exons e localiza a estrutura de exons que mais se assemelha com a proteína.
Wise Intelligent algorithms for DNA searches Comparar seqüências de DNA em nível de sua tradução conceitual.
Xpound Software for exon trapping Localiza regiões de exons.
 
PREDIÇÃO DE ESTRUTURA
Jpred Consensus secondary structure prediction server Predição de estrutura secundária de proteínas a partir de seqüência ou de alinhamento múltiplo.
Modeller (Program for Comparative Protein Structure Moddeli Comparação de modelos tridimensionais de estruturas de proteínas
PP (Predict Protein) Análise de seqüências e predição de estruturas.
PSA (Protein Sequence Analysis) Predição de estrutura secundária.
PSIPRED (Protein Structure Prediction Server) Predição de estrutura secundária.
STING (Sequence To and withIN Graphics) STING is a web based suite of programs that starts with visualizing molecular structure and then leads a user through a series of operations resulting in a comprehensive structure analysis.
 
VIAS METABÓLICAS
KEGG (Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes) Acesso via informática do conhecimento de biologia celular e molecular da interação de moléculas ou genes.
PATHDB PathDB pathways PathDB é uma ferramenta da pesquisa para a bioquímica e a genômica funcional.
WIT (What Is There) Recosntrução interative de metabolismo na web.
 
ANÁLISE FILOGENÉTICA
PAUP (Phylogenetic Analysis Using Parsimony) Pacote de programas para inferência de árvores filogenéticas.
PHYLIP PHYLIP Pacote de programas de livre utilização para inferir filogenia.
TreeView TreeView Programa simples para visualizar árvores filogenéticas.
 
PADRÕES
3Dee 3Dee 3Dee contem definições estruturais de domínio para todas proteínas do banco de dados PDB que têm 20 ou mais resíduos e não são modelos teóricos.
BLOCKS BLOCKS Alinhamentos múltiplos de segmentos correspondentes às mais conservadas regiões de proteínas.
COG (Clusters of Orthologous Groups of proteins) O COGnitor permite busca em grupos de proteínas ortólogas do COG.
HMMER HMMER Programa que utiliza perfil de HMMs para análise de seqüências de proteínas.
MEME/MAST MEME/MAST Localização de motifs em grupos de seqüências de DNA ou proteínas relacionadas / busca em banco de dados
MetaMEME Motif-based hidden markov modeling of biological s Kit de ferramentas para construção e utilização de HMMs baseados em motifs de DNA e proteínas.
PFAM Pfam database of protein domains and HMMs Coleção de alinhamentos múltiplos de seqüências e de HMMs cobrindo os mais comuns domínios de proteínas.
PRINTS Protein Fingerprint Database Conjunto de fingerprints de proteínas.
PROSITE Database of protein families and domains Base de dados de domínios e famílias de proteínas.
PSI-Blast Position-Specific Iterated Blast Blast mais sensitivo, constróis perfil de posicionamento específico.
 
DESENHO DE PRIMERS
Links HGMP Resource Centre Links para programas de desenho de primers.
Primer3 versão beta Diversas opções de parâmetros
 
ESTRUTURA MOLECULAR
Cn3D Cn3D Visualizar estruturas tridimensionais do Entrez.
Links In National Science Foundation Página com links poara programas de visualização molecular.
MolMol (MOLecule analysis and MOLecule display) Gráficos de moléculas para visualizar, analisar e manipular estruturas tridimensionais de macromoléculas.
Protein Explorer RasMol-derivative Visualizar estrutura molecular e sua relação com função.
Swiss - Pdb Viewer Swiss-Pdb Viewer Interface amigável que permite a análise de várias proteínas ao mesmo tempo.
Swiss-Model Swiss-Model Comparação automática de modelos de proteínas.
 
CHIPS DE DNA
HSC-2DPAGE 2-DE Gel Protein Databases at Harefield banco de dados de géis 2-DE de proteínas.
Links In Xenopus Microarray Project Página com links classificados.
SWISS-2DPAGE Two-dimensional polyacrylamide gel electrophoresis Banco de dados de mapas de referência 2D e SDS.
 
ANÁLISE DE GENOMA
MAGPIE (Multipurpose Automated Genome Project Investigati Sistema de análise e anotação de genoma automático.
MUMmer Fast alignment of large-scale DNA and protein sequ Sistema para alinhamento rápido de dois genomas inteiros.
Phred Phrap Consed The Phred/Phrap/Consed System Home Page Pacote de programas para montagem e visualização de fragmentos de DNA.
PipMaker (Percent Identity Plot Maker) Visualização do relacionamento entre seqüências.
Staden Staden Pacote de programas para montagem e análise de genoma.
 
ANÁLISE DE PROTEOMA
ExPASy proteomics tools ExPASy proteomics tools Links para ferramentas de proteômica.
 
DESENVOLVIMENTO
Bioperl Bioperl Project Associação internacional de desenvolvedores de ferramentas Perl para bioinformática, genômica e pesquisa da ciência da vida.
CGI.pm CGI.pm - a Perl5 CGI Library biblioteca Perl para criação de objetos.
MySQL MySQL Servidor de banco de dados robusto e fácil de utilizar.
Perl Perl Linguagem de programação de scritp.
 
BUSCA NA WEB
ALTAVISTA Web Search Procura, imagem, som, video...
GOOGLE Web Search Procura, imagem, som, grupos...